Justin Baldoni este căsătorit din 2013 cu Emily Baldoni. Relația lor a fost descrisă de-a lungul timpului ca una solidă, fiind părinții a doi copii, Maiya Grace și Maxwell. Cu toate acestea, recent, numele lui Baldoni a fost implicat într-un scandal de hărțuire sexuală, după ce actrița Blake Lively a depus o plângere împotriva sa.
Justin Baldoni și soția sa, Emily, au atras atenția în august 2024, când au participat la premiera filmului ”It Ends With Us”, regizat de Justin, dar au evitat să pozeze alături de colegii de distribuție ai acestuia. La scurt timp, au apărut zvonuri despre o presupusă ceartă între Justin Baldoni și Blake Lively pe platourile de filmare.
În jurămintele sale de la nuntă, Justin Baldoni i-a cerut scuze soției pentru „defectele, lipsurile, insecuritățile și ego-ul” său, un gest care a fost apreciat pentru sinceritatea sa. În iulie 2024, sărbătorind 11 ani de căsătorie, Baldoni a postat pe Instagram un mesaj emoționant: „Deși atât de multe lucruri despre noi sunt opuse, fiecare dintre acestea ne aduce împreună ca un lipici.” În ceea ce privește viața de familie, Justin și Emily au devenit părinți pentru prima oară în 2015, când s-a născut fiica lor, Maiya Grace. Trei ani mai târziu, familia s-a mărit odată cu venirea pe lume a fiului lor, Maxwell. Într-un interviu pentru The Bump din 2021, Baldoni a vorbit despre responsabilitatea de a combate normele de gen în creșterea fiului său. „Lumea îi va spune fiului meu că trebuie să fie impenetrabil, că trebuie să fie neînfricat și să-și asume riscuri fizice. Îi va spune că nu e în regulă să plângă când este rănit și că ar trebui să-și păstreze bucuria înăuntru.”, a declarat acesta.